Fasilitas

MAN 2 Yogyakarta memiliki fasilitas yang lengkap untuk menunjang pendidikan.

Fasilitas tersebut antara lain:

Masjid yang mampu menampung 600-an jamaah,
Pelayanan Terpadu Satu Pintu (PTSP),
Boarding School khusus Putri
Perpustakaan
Laboratorium Kimia,
Laboratorium Fisika,
Laboratorium Biologi,
Laboratorium TIK,
Studio Broadcasting,
Lapangan Olahraga,
Kantin.