KELAS SAINS NASIONAL (KSN)
Pembukaan kelas KSN adalah respon madrasah atas masukan jajaran Komite, para wali siswa dan stakeholder Kementerian Agama yang mengharapkan ada peningkatan prestasi akademik dari siswa-siswa MAN 2 Yogyakarta. Siswayang dikelompokkan di kelas KSNadalah siswa-siswa yang terjaring khusus melalui PPDB jalur prestasi. Apabila penjaringan dari jalur prestasi masih menyisakan kuota, maka kelas KSNdapat diisi siswa baru dari jalur reguler melalui seleksi NUN.Untuk dapat masuk di kelas KSNsiswa baru harus memiliki nilai UN Matematika dan IPA minimal 80. Lebih tinggi dari standar nilai UN Matematika untuk siswa kelas MIPA Reguler, yaitu minimal 70.Untuk membangun dan meningkatkan daya nalar serta logika, kelas KSNmemperoleh mata pelajaran lintas minat Informatika serta mata pelajaran pendalaman minat Matematika, Fisika, Kimia atau Biologi. Pemilihan mata pelajaran pendalaman minat dilakukan pada minggu keempat setelah KBM dimulai melalui seleksi oleh guru mata pelajaran masing-masing dan diperkuat rekomendasi hasil penelusuran minat bakat dari guru Bimbingan Konseling.
Siswa kelas KSNjuga wajib mengikuti kegiatan ekstrakurikuler Science Club (KIR), dan Kompiku (Komunitas Pecinta Buku) untuk mengasah kemampuan menyusun proposal penelitian, melakukan penelitian dan menyusun laporan penelitian. Kegiatan PLK siswa kelas KSNhendaknya diarahkan ke pusat-pusat penelitian atau lembaga-lembaga ilmu pengetahuan yang mendukung pembentukan keunggulan akademik di bidang sains.