Terdapat beberapa beasiswa yang diterima oleh peserta didik di MAN 2 Yogyakarta, diantaranya
:
- PIP ( Program Indonesia Pintar)
merupakan program besasiswa dari pemerintah untuk membantu peserta didik dari ekonomi keluarga kurang atau tidak mampu. Pendataan awal dilakukan oleh Madrasah melalui data emis, dilihat dari pekerjaan dan penghasilan orang tua. Bagi yang memenuhi syarat maka diusulkan untuk menjadi peserta PIP. Tahun 2019/2020 terdapat 93 peserta didik penerima beasiswa PIP dengan jumlah penerimaan Rp. 1000.000 dengan peruntukan biaya personal ( untuk kebutuhan biaya penunjang pendidikan )
- KMS ( Kartu Menuju Sejahtera )
KMS adalah beasiswa khusus bagi peserta didik yang berdomisili di wilayah Kota Yogyakarta dan ber kartu keluarga kota Yogyakarta yang kategori ekonomi keluarga rentan miskin. Peserta Didik MAN 2 Yogyakarta penerima KMS di tahun 2019/2020 sejumlah 26 dengan penerimaan sebesar Rp. 1250.000 dengan peruntukan biaya personal ( belanja tas sekolah, sepatu, buku, biaya transport sekolah )
- BAZNAS ( Badan Amil Zakat Nasional )
Baznas adalah beasiswa yang diperuntukakn untuk anak Yatim/Piatu/Yatim-piatu dan rentan miskin. Di MAN 2 Yogyakarta pada tahun 2019-2020 sebanyak 70 orang yang terdiri dari peserta didik dan GTT-PTT yang menerima penyaluran beasiswa BAZNAS sebesar Rp. 300.000.
- BEASISWA PRESTASI AKADEMIK DAN NON AKADEMIK
MAN 2 Yogyakarta memberikan apresiasi kepada peserta didik yang mampu meraih prestasi baik intern maupun ekstern dengan memberikan beasiswa berupa bebas biaya pendidikan bulanan sesuai dengan peraihan prestasi yang telah diatur dalam peraturan akademik MAN 2 Yogyakarta, mulai dari bebas biaya pendidikan 3 bulan, 6 bulan, 9 bulan atau 12 bulan.
