Ekstrakurikuler MAN 2 Yogyakarta:

1          Arabic Club

2          Basket

3          BC (Jurnalistik)

4          BC (Film)

5          BC(Teknik)

6          BC (Public Speaking)

7          Bulutangkis

8          CM

9          English Club

10        Futsal

11        Hadroh

12        Jerman Club

13        Japan Club

14        Manga/Shodo Jepang

15        Multimedia

16        Musik

17        Karate

18        KIR IPA-IPS

19        Olimpiade/Kompetisi Sains Kebumian

20        Olimpiade/Kompetisi Sains Ekonomi

21        Olimpiade/Kompetisi Sains Biologi

22        Olimpiade/Kompetisi Sains Astronomi

23        Olimpiade/Kompetisi Sains Kimia

24        Olimpiade/Kompetisi Sains Fisika

25        Olimpiade/Kompetisi Sains Matematika

26        Olimpiade/Kompetisi Sains Geografi

27        Paduan Suara

28        Pasukan Khusus/Tonti

29        Pramuka

30        Pencak Silat

31        PIK-R/A-PeL

32        PMR dan UKS

33        Qiro'ah

34        Sepak Bola

35        Taekwondo

36        Tahfidz

37        Teater

38        Tenis Meja

39        TIK/Robotika

40        Volly

*Ekstra Intra Merupakan Fasilitas Siswa Yang disediakan Oleh Madrasah dan Tidak dipunggut Biaya